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中国南海研究院是海南省政府下属的以南海为研究对象并从事相关学术交流的研究机构，归口海南省外事侨务办公室管理，在政策和业务上接受外交部和国家海洋局的指导。其前身海南南海研究中心成立于1996年，是外交部确定的我国“南海问题研究基地”、是“海峡两岸南海问题民间学术论坛”的大陆牵头单位。2004年7月，经国务院批准，海南南海研究中心正式更名为中国南海研究院。
研究院自成立以来，已在南海史地、南沙群岛主权、海洋划界、南海环境保护及周边关系等领域取得了一批基础性的研究成果，发表多部学术专著，建立了独立的学术网站，开发了南海中英文文献数据库系统，开展了广泛的学术交流活动。
研究院的主要品牌项目有：
“数字南海”项目
“数字南海”，即南海岛礁与海洋空间信息系统，是我院与南京大学合作研发的大型海洋地理信息系统。
“数字南海”项目是南海研究领域内一项重大的基础性建设工程，建成后将为我外交斗争及解决南海问题提供技术支撑手段，同时也将为南海海洋资源开发、南海航运、海洋环境保护、减灾防震、国防需要等提供各种服务，具有可观的实用价值和十分深远的战略意义。
“海峡两岸南海问题民间学术论坛”
论坛轮流在大陆和台湾举办年度学术会议，研究院是论坛在大陆方面的牵头单位，目前已经成功举办了“南海资源与两岸合作研讨会”（2004，海口）、“两岸在南海问题上的合作：机会与方向”（2005，台北）、“凝聚两岸共识，推进务实合作”（2006，海口）。论坛旨在为两岸南海研究专家与学者提供一个交流平台，加强两岸学界联系，推动开展南海研究合作。
海南南海研究基金会
2006年底经有关部门批准，正式成立海南南海研究基金会。
基金会属于非公募基金会。宗旨是：支持和促进南海问题的研究及培训工作，为国家总体外交服务，为国家南海开发的战略部署服务，为海南省建设海洋强省服务。本基金会公益活动的业务范围是：资助中国南海研究院有关南海和海南省建设海洋强省的相关课题研究活动；资助中国南海研究院有关南海的国内外学术交流。
南海形势年度评估报告
该项目为研究院年度南海地区形势绿皮书，已连续出版了5期。南海地区战略位置重要，南沙争端是影响地区安全的一个重要因素。通过跟踪与收集涉及南海及周边地区的政治、经济、军事和外交等相关动态信息，分析和评估南海地区的总体形势及其发展态势，提出建设性的对策与建议，为缔造南海地区的永久和平服务。
《南海研究》杂志
开发海洋蓝色国土，拓展生存和发展空间，已成为当今世界潮流；海洋问题已成为学术界的研究热点。《南海研究》将为这些研究成果提供一个发表和交流的平台，更好地维护我海洋权益，同时展示国内学术界的最新研究动态。《南海研究》由海洋热点、海上安全、海洋法理、海洋资源及学术动态几个专栏组成。
南海问题文献数据库
研究院建立了网站：www.nanhai.org.cn。经过多年的积累，研究院收藏了一批国内稀有的档案、地图和图书资料，在此基础上建立了两个文献数据库管理系统：1、外文文献数据库系统收录了上个世纪70年代以来国际上有关南海问题的重要英文资料；2、中文文献数据库系统收录了清代以来，大陆和港台地区有关南海问题的重要文献，录入文献条目一万三千条，是我国目前最大的关于南海问题的专业数据库。
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